会社分割を検討する際、分割対象事業に不動産が含まれるケースは少なくありません。

オフィスビル、工場、店舗、倉庫など、事業に不可欠な不動産をどのように承継会社へ移転するか、登記はどう進めるのか──多くの経営者・実務担当者が不安を感じるポイントです。

 

不動産の承継には、通常の資産承継とは異なる登記実務上の手続きが必要になります。

また、抵当権などの担保権がついている場合や、複数筆の土地が分割対象になる場合には、さらに複雑な処理が求められます。

 

本記事では、会社分割における不動産の承継ルールと、所有権移転登記・担保権の取扱い、そして実務上のよくあるつまずきポイントを、司法書士の実務経験をもとに詳しく解説します。

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会社分割で不動産はどう承継されるのか?

会社法上、会社分割では包括承継(会社法第759条・第764条)により、承継会社へ権利義務が移転します。

これは事業譲渡のような「個別の契約移転」ではなく、法律の規定に基づいて、効力発生日に自動的に不動産の所有権が移転する仕組みです。

 

包括承継と個別承継の違い

事業譲渡では、不動産を譲渡する場合に通常契約を締結し、個別に所有権移転登記を行います。

一方、会社分割では分割契約書または分割計画書に承継対象として記載すれば、契約や引渡しの手続きなしに所有権が移転します。

 

• 事業譲渡:個別に契約→登記
• 会社分割:包括承継→登記のみ

 

ただし、登記は法務局への申請が必要なため、「自動的に登記まで済む」わけではない点にご注意ください。

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不動産の所有権移転登記の手続きと必要書類

会社分割によって不動産の所有権が移転した場合、所有権移転登記を申請する必要があります。

 

登記申請のタイミング

会社分割の効力発生日が所有権移転の基準日となります。

通常第三者への対抗要件の関係で、登記申請は、効力発生日以降、速やかに行うことが求められます。

 

実務上は、本店所在地での組織再編登記と同時進行で準備を進め、法人登記完了後速やかに不動産登記を行うケースが一般的です。

 

登記原因と登記の名義

登記原因は「会社分割」と記載されます。

登記の名義人は、承継会社(吸収分割の場合)または新設会社(新設分割の場合)となります。

 

登記に必要な主な書類

不動産の所有権移転登記では、以下の書類が必要になります。

 

• 登記申請書(不動産所在地を管轄する法務局あて)
• 分割契約書または分割計画書(原本またはコピー)
• 吸収分割の場合:承継会社の登記事項証明書
• 新設分割の場合:新設会社の設立登記完了後の登記事項証明書
• 分割会社の印鑑証明書(発行後3か月以内)
• 承継会社の会社法人等番号または登記事項証明書
• 代理権限証明書(司法書士に依頼する場合)
• 登録免許税の納付(現金またはオンライン納付)

 

登録免許税は、不動産の固定資産税評価額の1,000分の20(2%)が原則です。

 

複数の不動産がある場合の注意

分割対象の不動産が複数ある場合、すべての不動産について同時に登記申請を行うことが望ましいです。

不動産が複数の法務局管轄にまたがる場合は、それぞれの法務局に個別に申請が必要です。

 

実務上、登記漏れや申請タイミングのズレが生じないよう、司法書士が一括して管理するケースが多く見られます。

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抵当権・根抵当権など担保権がついている場合の取扱い

不動産に抵当権や根抵当権が設定されている場合、会社分割によってどのように承継されるのでしょうか。

 

金融機関への事前通知と同意取得

実務上は金融機関との調整が非常に重要です。

特に根抵当権の場合、元本確定事由に該当する可能性があるため、金融機関への事前通知と協議が不可欠です。

 

• 担保提供者が変わることによる審査
• 融資契約の変更契約(債務引受・連帯保証の付け替え)
• 根抵当権の元本確定の有無

 

これらの調整には1〜2か月程度の時間がかかることもあり、スケジュール管理の際に注意が必要です。

 

担保権の変更登記

担保権が承継される場合でも、担保権の債務者欄の変更登記が必要になるケースがあります。

この登記は金融機関との協議を経て、承継会社と金融機関の共同申請により行われます。

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実務でよくある論点・つまずきポイント

ここからは、当事務所でこれまでに取り扱った会社分割の実務経験をもとに、よくある課題とその対応策をご紹介します。

 

【ケース1】承継対象の不動産の特定が曖昧

分割契約書に「事業用不動産一式」と記載しただけでは、登記申請時に対象不動産を特定できません。

不動産登記では、地番・家屋番号による正確な特定が必須です。

 

分割契約書の別紙として、以下の形式で記載することを推奨します。

 

• 所在:東京都〇〇区△△一丁目
• 地番:123番4
• 地目:宅地
• 地積:200.50㎡

 

登記簿謄本(登記事項証明書)を取得して、正確に転記しましょう。

 

【ケース2】登録免許税の負担が想定外に大きい

不動産の所有権移転登記には、評価額の2%という登録免許税が課税されます。

評価額が1億円の不動産であれば、登録免許税は200万円に達します。

 

会社分割全体のコストを試算する際、登録免許税の見積もり漏れが発生しやすいため注意してください。

固定資産税の納税通知書または評価証明書で、事前に評価額を確認しておくことが重要です。

 

【ケース3】不動産が共有持分の場合

承継対象の不動産が共有持分である場合、他の共有者の同意は不要ですが、登記上の記載には注意が必要です。

共有持分の移転も包括承継の対象となり、分割契約書に明記すれば承継可能です。

 

ただし、実務上は他の共有者への事前説明を行い、トラブルを未然に防ぐことが望ましいです。

 

【ケース4】農地が含まれるケース

分割対象の不動産に農地が含まれる場合、農地法上の届出が必要になることがあります。

会社分割は包括承継ですが、農地法上の届出が求められるケースがあるため、農業委員会への事前確認が不可欠です。

 

農地法の手続きには1〜2か月程度の期間を要する場合があるため、スケジュールに余裕を持つことが重要です。

 

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会社分割と事業譲渡──不動産承継の違い

不動産の承継方法として、会社分割のほかに事業譲渡という選択肢もあります。

両者の違いを理解しておくことで、最適なスキームを選択できます。

 

会社分割のメリット

• 包括承継のため、個別の契約締結が不要
• 複数の不動産を一括で承継可能
• 債権者保護手続きで包括的に処理

 

事業譲渡のメリット

• 承継対象を柔軟に選択できる
• 債務を引き継がない選択が可能
• 株主総会決議のハードルが比較的低い場合がある

 

不動産の数が多い場合や、担保権の処理が複雑な場合には、会社分割の方が効率的なケースが多く見られます。

詳しくは会社分割と事業譲渡の違いをご参照ください。

 

また、承継対象の特定方法や契約書の記載については、分割計画書・分割契約書の記載事項と作成のポイントで詳しく解説しています。

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専門家に依頼すべきケースの判断基準

会社分割における不動産の承継は、以下のようなケースでは司法書士への依頼を強く推奨します。

 

• 承継対象の不動産が複数ある
• 抵当権・根抵当権が設定されている
• 不動産が複数の法務局管轄にまたがる
• 共有持分や農地が含まれる
• 登記と組織再編登記を同時進行する必要がある

 

不動産登記は専門性が高く、登記漏れや記載ミスがあると後の紛争リスクにつながります。

また、金融機関との調整や農業委員会への届出など、関連手続きも多岐にわたります。

 

当事務所では、1,200社を超える登記実績をもとに、会社分割における不動産承継の全プロセスをサポートしております。

行政書士事務所併設により、許認可手続きも含めたワンストップ対応が可能です。

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まとめ

会社分割における不動産の承継は、包括承継により効力発生日に自動的に所有権が移転しますが、所有権移転登記は別途申請が必要です。

担保権がある場合や、農地・共有持分が含まれる場合には、金融機関や行政機関との調整が不可欠であり、スケジュール管理と専門知識が求められます。

不動産を含む会社分割をご検討中の方は、登記実務に精通した司法書士へ早めにご相談されることをおすすめいたします。